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環(huán)境分析是離子色譜最重要的應(yīng)用領(lǐng)域之一，可分為水、土壤和空氣分析。離子色譜法在環(huán)境分析化學(xué)中的應(yīng)用主要集中于水中各種陰離子和陽(yáng)離子的定性和定量分析。離子色譜法也可用于分析天然鹵水中的離子，包括海水、地下鹵水、地?zé)猁u水和高鹽度地下水。
由于氰化物的工業(yè)應(yīng)用規(guī)模大、毒性強(qiáng)，各種環(huán)境樣品中氰化物的測(cè)定非常重要。在迄今為止開(kāi)發(fā)的所有氰化物和硫化物的分析方法中，必要的第一步是去除干擾物。離子色譜法可同時(shí)測(cè)定氰化物和硫化物。聚磷酸鹽具有螯合和分散性能，廣泛應(yīng)用于工業(yè)水處理。螯合劑如氮三乙酸（NTA）和乙二胺四乙酸（EDTA）也可以用與聚膦酸鹽相同的方法快速測(cè)定。除了常見(jiàn)的無(wú)機(jī)陰離子和陽(yáng)離子，
六價(jià)鉻是一種有毒的鉻，必須在制造廢物中加以監(jiān)測(cè)。柱后加入二苯碳酰二肼的離子色譜法是測(cè)定六價(jià)鉻最特異、靈敏的方法之一。通過(guò)消毒過(guò)程進(jìn)行水處理被認(rèn)為是20世紀(jì)公共衛(wèi)生領(lǐng)域的一項(xiàng)重大成就。因此，水污染物的鑒定方法已由微生物法轉(zhuǎn)向化學(xué)法。
飲用水中化學(xué)物質(zhì)的含量呈指數(shù)增長(zhǎng)；然而，在成百上千的人中，很少有人研究或記錄了它們對(duì)健康影響的證據(jù)。近十年來(lái)，臭氧處理飲用水以改善飲用水的味道和氣味，去除有機(jī)和無(wú)機(jī)微污染物已越來(lái)越受到人們的重視。20世紀(jì)80年代初，人們清楚地認(rèn)識(shí)到，臭氧在飲用水處理中的應(yīng)用不僅會(huì)導(dǎo)致含氧化合物的形成，還會(huì)導(dǎo)致溴化物的形成；還形成溴化有機(jī)化合物和溴酸鹽。
近年來(lái)，溴酸鹽已成為無(wú)機(jī)鹵化物氧化物的主要副產(chǎn)品，飲用水中溴酸鹽的濃度必須加以控制。此外，感興趣的課題和高級(jí)研究是亞氯酸鹽和氯酸鹽12。全球和國(guó)家機(jī)構(gòu)繼續(xù)致力于監(jiān)測(cè)飲用水中溴酸鹽、亞氯酸鹽和氯酸鹽的水平，以建立適當(dāng)?shù)谋O(jiān)管限制。溴酸鹽問(wèn)題也涉及瓶裝水。對(duì)許多人來(lái)說(shuō)，瓶裝水已經(jīng)成為比自來(lái)水更健康的選擇，因?yàn)樗麄冋J(rèn)為瓶裝水含有更少的污染物，或者他們不喜歡氯化自來(lái)水的味道。
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